開航初期,深穗“水上巴士”每天往返各3班,共6個班次。其中,深圳機場碼頭至廣州南沙客運港開行時間分別為10:10、13:30、17:35,廣州南沙客運港至深圳機場碼頭開行時間分別為09:00、11:50、16:30,船班時刻覆蓋早、中、晚各時段,可滿足旅客全天出行需求。