隨著此次深穗“水上巴士”開通,機場碼頭水上客運航線可通達香港、澳門、廣州、珠海、中山等大灣區5座城市,日航班量共計60班,包括香港機場航線(每天8班,航程約45分鐘)、澳門航線(每天16班,航程約70分鐘)、中山航線(每天14班,航程約45分鐘)、珠海航線(每天16班,航程約60分鐘)和廣州航線(每天6班,航程約35分鐘)。