2020年7月2日，據深圳市人力資源和社會保障局網站，深圳發布《關于落實粵港澳大灣區個人所得稅優惠政策的通知》和《深圳市境外高端人才和緊缺人才2019年納稅年度個人所得稅財政補貼申報指南》。
2019年6月18日，廣東省財政廳、國家稅務總局廣東省稅務局印發了《關于貫徹落實粵港澳大灣區個人所得稅優惠政策的通知》（粵財稅〔2019〕2號），貫徹落實財政部、稅務總局2019年3月14日印發的《關于粵港澳大灣區個人所得稅優惠政策的通知》（財稅〔2019〕31號）。該文件指出，在中央政策的基礎上，進一步細化明確差額補貼的標準和范圍、人才認定的框架范圍和原則意見等要求，并充分考慮珠三角九市的實際需要，由各市根據當地實施制定高端人才和緊缺人才的具體認定標準和操作辦法，賦予各市充分的自主權。
這一政策的出臺，使得大灣區工作的境外人才實際稅負水平明顯降低，對大灣區廣聚英才將起到積極的引導和推動作用。
2020年3月17日，深圳根據《財政部稅務總局關于粵港澳大灣區個人所得稅優惠政策的通知》（財稅〔2019〕31號）要求，制定《關于落實粵港澳大灣區個人所得稅優惠政策的通知》。
2020年6月30日，深圳出臺《深圳市境外高端人才和緊缺人才2019年納稅年度個人所得稅財政補貼申報指南》。
深圳市人力資源和社會保障局深圳市科技創新委員會深圳市財政局國家稅務總局深圳市稅務局關于落實粵港澳大灣區個人所得稅優惠政策的通知
各區人民政府，大鵬新區、深汕特別合作區管委會，前海管理局，各有關單位：
為支持粵港澳大灣區建設，根據《財政部稅務總局關于粵港澳大灣區個人所得稅優惠政策的通知》（財稅〔2019〕31號）要求，經市政府同意，結合深圳實際，現就有關事項通知如下:
一、對在深圳工作的境外高端人才和緊缺人才，按內地與香港個人所得稅稅負差額給予補貼，該補貼免征個人所得稅。在納稅年度內，申報人已納稅額減去測算稅額，即為申報人可申請當年度個人所得稅補貼。
二、本通知所稱的已納稅額，是指下列所得按照《中華人民共和國個人所得稅法》規定繳納的個人所得稅額：
（一）工資、薪金所得;
（二）勞務報酬所得;
（三）稿酬所得;
（四）特許權使用費所得;
（五）經營所得;
（六）入選人才工程或人才項目獲得的補貼性所得。
三、本通知所稱的測算稅額，是指在納稅年度內申報人的個人所得按照香港的稅法測算的應納稅額。申報人2019年納稅年度補貼稅額按標準稅率法測算，第一年度后可選擇標準稅率法或累進稅率法測算。
（一）標準稅率法。測算稅額＝申報人應納稅所得額×15%。
（二）累進稅率法。測算稅額為申報人以原始收入（不包括符合香港稅法所規定的免稅條件、雇員以非現金形式或實報實銷的形式獲得的福利），按照香港稅法計算的應納稅額。
四、補貼根據個人所得項目，按照分項計算（綜合所得進行綜合計算）、合并補貼的方式進行計算。
五、對境外高端人才和緊缺人才，按照自愿申報、科學客觀的原則進行認定。
六、境外高端人才和緊缺人才是指，香港、澳門永久性居民，取得香港入境計劃（優才、專業人士及企業家）的香港居民，赴港澳定居的內地居民（已注銷內地戶籍），臺灣地區居民，已納稅所得額達到限額的外國國籍人士，取得國外長期居留權的回國留學人員和海外華僑等，在我市用人單位工作并在深圳依法納稅，遵守法律法規、科研倫理和科研誠信，同時符合下列條件之一：
（一）國家、省、市重大人才工程入選者、取得廣東省“人才優粵卡”、外國人來華工作許可證（A類、B類）或外國高端人才確認函的人才，以及國家、省、市認定的其他境外高層次人才。
（二）國家級、省級或市級重大創新平臺的科研團隊成員和中層以上管理人才。
（三）高等院校、科研機構、醫院等相關機構中的科研技術團隊成員、中層以上管理人員或承擔市級以上在研重大縱向課題的團隊成員，以及市級以上重點學科、重點?？频葞ь^人。
（四）經認定的總部企業、世界五百強企業及其分支機構和我市高新技術企業、大型骨干企業、上市企業以及入庫培育企業、高成長性科技創新型中小企業的中層以上管理人員、科研團隊成員、技術技能骨干和優秀青年人才。
（五）在我市重點發展產業、重點領域就業創業的中層以上管理人員、科研團隊成員、技術技能骨干和優秀青年人才。
七、個人所得稅補貼資金，由市區財政按照市區共享稅分成比例負擔。各區（含新區、深汕合作區）、前海合作區負責所屬轄區高端人才和緊缺人才個人所得稅補貼的申請受理、審核、發放工作。申報人不重復享受本市其他與個人所得稅相關的人才優惠政策。
八、申報人存在弄虛作假行為的，取消其申請資格，五年內不再受理該申報人個人所得稅補貼申請；對已經取得個人所得稅補貼的，由補貼發放部門對補貼資金及利息（以補貼發放日為起始日期、以補貼退回日前一日為截止日期，按照中國人民銀行活期存款利率計算利息，如遇利率調整，則分段計算）予以追繳；涉嫌犯罪的，移交司法機關依法追究刑事責任。
九、每年度申報指南由市人力資源保障局會同市科技創新委（市外專局）、市財政局發布。本通知自2020年3月27日至2023年12月31日止施行。2019年1月1日起符合本通知規定的申報人，可按照本通知規定申請補貼。
特此通知。
深圳市人力資源和社會保障局
深圳市科技創新委員會
深圳市財政局
國家稅務總局深圳市稅務局
2020年3月17日