此外，深圳地鐵12號線沿線大部分途經城市建成區，車站臨近重要建（構）筑物63處，區間上跨、下穿及側穿既有運營地鐵線路3處，區間近距離下穿、側穿建（構）筑物及重要管線25處，下穿海域、河流6處，線路存在軟弱地層、基巖突起、球狀風化巖等多變地質條件，施工安全風險高、施工效率低，且與在建線路存在大量接口，施工難度極大。
施工過程中，深圳地鐵和中國電建始終發揚工匠精神，通過創新應用新技術、新設備，積累了盾構下穿海域破碎帶的寶貴經驗，并在雙模盾構的施工實踐中，創造了國內雙模盾構洞內模式轉換效率新記錄。
截至目前，地鐵12號線全線車站主體結構完成率達96%，139個附屬結構已經開工建設，裝飾裝修、供電工程、通信工程、信號工程、消防工程等工作面已全面鋪開。隨著盾構區間的全線貫通，地鐵12號線工程重心將全面轉向站后工程。
