《實施方案》指出，各級教育行政部門要加強對集團化辦學的監管，把參與集團共建及成效作為對成員校校長年度績效考核的重要內容。對辦學成效好、質量高、社會滿意度高的集團給予一定的獎勵，在區內職稱評聘、評先評優、提拔任用等方面進行優先考慮。
在保障措施方面，深圳將加大市、區財政對集團化辦學投入力度，制定集團化辦學專項經費管理辦法，明確專項經費主要用于集團教學改革、課程實施、質量評估、隊伍建設、特色發展。在解決集團化辦學發展中人力資源不足、結構性缺員等問題中，對于集團內校級領導職數不足、編制緊缺、崗位職數偏低的，由教育行政部門商同級機構編制、人力資源社會保障等部門對集團內各校進行動態調整、及時配置。